1、藤野先生在战后被认为是对中日友好作出了贡献；

2、1961年在福井市建立了纪念碑；

3、1983年5月18日，鲁迅的故乡绍兴市和藤野的故乡芦原町结成友好城市；

4、1984年7月，他的故居被改造成藤野严九郎纪念馆。他生前任教的日本东北大学原名东北帝国大学设立了“东北大学藤野先生奖”。《藤野先生》作为中日两国的语文课课文，他的名字也广为人知；

5、2006年，北京的鲁迅博物馆和藤野的出生地福井县芦原市分别向东北大学赠送了鲁迅和藤野的胸像。