微生物与食品的关系主要有有益、有害、有益和有害相互转化几种情况。

有益分为直接有益和间接有益，又可进一步分为有益于人体健康和有益于生产；对于食品有害的微生物，有些是微生物自身是病原菌、致病菌，可以引起食品污染，有些是因为这些微生物并无危害，但是其代谢产物有毒性，危害人体健康；还有一些微生物自身不会致病也不会产生有害代谢物。但是其生长繁殖会给生产带来一些影响。一些微生物对生产和健康的影响较小，而另一些微生物在一些情况下有利于生产和健康，但在某些情况下则不利于生产，有害于健康。