菏泽市有两个区，分别为牡丹区和定陶区。菏泽市地处山东省西南部，与江苏、河南、安徽三省接壤，东与济宁市相邻，东南与江苏省徐州市、安徽省宿州市接壤，南与河南省商丘市相连，西与河南省开封市毗邻，北接河南省濮阳市。

菏泽市地处黄河下游，境内除巨野县有10平方千米的低山残丘外，其余均为黄河冲击平原，地势平坦，土层深厚，属华北平原新沉降盆地的一部分。自西南向东北呈簸萁形逐渐降低，海拔高度为68—37米，平均坡降为1/4700。