已购公房土地出让金的计算方式是：

土地局对地块进行估价，出让金是估价40%到60%出让金数额计算方法如下：

1、有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照标准地价平均标准40%计算。

2、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。

3、通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。

4、划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60%，在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算土地出让金。