医疗事故罪认定的证据有：

1、门诊及住院病历；

2、化验单及各类检查结果；

3、处方、药品及药品包装袋；

4、手术中的切除组织；

5、输血、输液反应的剩余液；

6、死者尸体。

【法律依据】

根据《刑法》第三百三十五条，医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役。