重庆交通大学河海学院创建于1960年，由邓小平及刘伯承领导的西南军政委员会成立的的西南交通专科学校合并武汉水运工程学院水工系而建立。学院1985年开始招收硕士研究生，1997年水港工程系改名为河海建筑工程系，2003年成立河海学院。

学院在1960年建立的水港系的基础上不断发展，2001年开办水利水电工程学科，2004年开办地质工程学科，2005年开办环境科学学科，2009年开办给水排水工程学科。

学院现有“水利工程”一级学科博士点，包括 “港口、海岸及近海工程”、 “水文学及水资源”、 “水力学及河流动力学”、“水工结构工程”、“水利水电工程”等5个二级学科博士点，并拥有包括“岩土工程”、“市政工程”、“地理学”一级学科和“水利工程”一级学科所属的二级学科在内的10个硕士点。