南开大学临床医学专业在全国名列前茅，为学制七年本硕连读专业，学生在第六、第七两年享受研究生待遇，完成学业并经审查合格者准予本科和研究生毕业，同时授予医学学士学位和硕士学位。自2009年起医学院在该专业学生中挑选最优秀的学生组成“本、硕、博”贯通的八年制临床医学试点班，旨在培养医学精英人才。临床医学专业旨在培养医德高尚、人文和自然科学基础广泛、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，特别是具有终生自我充实能力的高级医学专门人才。专业课程有人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、医学微生物学、医学免疫学、人体寄生虫学、医学分子遗传学、病理学、病理生理学、药理学、诊断学、医学影像学、核医学、中医学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、皮肤病学、传染病学、神经病学、精神病学、眼科学、耳鼻喉科学、血液学、医学统计学、医学心理学、法医学等。 毕业生能够从事医疗、科研、教学等方面的工作。