因为工程存在以下争议：

耗资巨大，涉及大量的移民问题，调水量太少，发挥不了经济效益，调水量过多，枯水期可能会使长江的水量不足，影响长江河道的航运，长江口的咸潮加深，更有可能引发长江流域自然环境生态危机；三峡工程和南水北调的同时作用，可能会对长江中下游地区产生难以估量的影响，尤其是在旱季和枯水期；南水北调中线工程河南省近33万人搬迁，搬迁给移民生活带来颠簸动荡。有些移民因为得到的补偿款不足，在买下政府提供的住房之后，所剩款项只能购置一小块耕地；南水北调成本已经高于现有的海水淡化成本；2011年上半年，三峡下游三省湖南、湖北、江西遭遇史无前例旱情，仅湖北省就有1300余座水库低于死水位。鄱阳湖、洞庭湖、洪泽湖水位严重偏低，我国最大的淡水湖只剩下水域面积的十分之一，这一系列事件引起社会各界对三峡大坝的广泛质疑。